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 从1948年秋开始，几百个爱国民主人士应中共中央的邀请，从国民党统治区、香港、海外到了解放区。为使他们平安到达，周恩来作了细致的安排。
11月初，他受已到哈尔滨的各民主党派代表委托，开始主持起草新政治协商会议的共同纲领。1949年2月27日，他在河北省建屏县西柏坡，审阅修改了《关于新的政治协商会议诸问题的协议》、《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》、《参加新政协筹备会各单位民主人士候选人名单》、《中华人民共和国政府组织大纲（草案）》、《中国人民民主革命纲领（草案）》等，批示把它们印成《新的政治协商会议有关文件》，供大家协商讨论。
1949年4月，周恩来率中共代表团在北平与张治中率领的南京国民党政府代表团进行和平谈判，谈了8条24款—《国内和平协定（最后修正案）》。17日，周恩来说：“这8 条24款，南京代表团表示可以接受。我们限定南京国民党政府在20日以前答复，如不接受，则20日我们一定打过江去。”然而，南京国民党政府拒绝接受这些条款。4月21日，毛泽东主席、朱德总司令发布向全国进军的命令，百万大军渡过长江。4月23日，占领南京。
6月15日，新政协筹备会在北平中南海勤政殿举行第一次会议。周恩来任大会临时主席，致了开慕词。次日，他在会上作了《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》的解释报告，说明：我们的共同纲领“不能不转向建设方面”，“重点要摆在我们共同努力，来建设一个新民主主义的新中国”。会上，周恩来被推选为常委会副主任，兼任第三小组组长，负责起草《共同纲领》。
8月26、27日，周恩来主持新政协筹备会常委会第四次会议。在会上他提出：在社会主义时期，仍然要有中共与党外人士的统一战线，要有各党派统一合作的组织，这个固定的统一战线组织，建议称为中国人民政治协商会议，它要长期存在。
9月21日，中国人民政治协商会议第一届全体会议在中南海怀仁堂开幕。毛泽东在会上宣告：“中国人民从此站立起来了”，“我们的民族将再也不是一个被人侮辱的民族了，我们已经站起来了”。次日，周恩来在会上作了《关于（中国人民政治协商会议共同纲领）草案的起草经过和特点》的报告。27日、29日，会议在周恩来等主持下通过了《中华人民共和国中央人民政府组织法》、《中国人民政治协商会议共同纲领》、《关于选举中国人民政协全国委员会和中央人民政府委员会的规定》及中华人民共和国首都、纪年、国歌、国旗四个方案。30日，会议选举了中央人民政府委员会及中国人民政协全国委员会。周恩来当选为中央人民政府委员和中国人民政协全国委员会委员，后又当选为副主席。
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下午6时，全体代表坐车来到天安门广场，参加人民英雄纪念碑奠基典礼。 
